东航和南航都有各自的优势和特点，选择哪个积分更好取决于个人的出行需求和偏好。

东航的积分系统为“东航明珠积分”，会员可以通过乘坐东航及其合作伙伴航班累积积分，然后可以在未来的航班中使用积分兑换机票或者升级舱位。东航明珠积分在东航及其合作伙伴的航班中可用性较广，而且积分兑换相对灵活。

南航的积分系统为“南航明珠积分”，会员同样可以通过乘坐南航及其合作伙伴航班累积积分，然后可以在未来的航班中使用积分兑换机票或者升级舱位。南航明珠积分的优势在于南航与天合联盟的合作伙伴较多，会员可以在全球范围内使用积分兑换奖励。

综合来看，东航和南航的积分系统都有各自的优势，选择哪个更好取决于个人的出行需求和偏好。建议根据自己的常用航线、航班频率以及旅行偏好来选择适合自己的积分计划。